@q.e.d.:
In die Liste der Importierten Bauteile werden die Elemente direkt aus dem Verzeichnisbaum eingefügt und auch in der gleichen Struktur belassen.
Was meinst Du mit "sobald ich die importierten Elemente editieren will"?
Möchtest Du Elemente (z.B. auch für zukünftige Projekte) ändern, dann wäre das Kopieren der einzelnen Elemente in die Benutzersammlung das Mittel der Wahl. Anschließend fügst Du das geänderte Teil aus der Benutzersammlung in Deinen Schaltplan ein und QET kopiert es damit in die Liste der importierten Elemente.
Für das Editieren von Artikelnummer, Betriebsmittelkennzeichen, etc. markierst Du das Teil im Schaltplaneditor und editierst nur die Felder unter "Auswahleigenschaften" in den Reitern "Information" oder "Texte".
Dass die "Unterverzeichnisse" bei den importierten Elementen so durcheinander geraten, wie in Deinem Screenshot, ist mir noch nicht untergekommen.
Kannst Du ein Minimal-Beispiel zur Verfügung stellen, bei dem es zu solchen Verschachtelungen kommt?
Am Besten fängst Du ein neues Projekt an und merkst Dir die Schritte bis zum "Durcheinander" bei den importierten Elementen.
EDIT:
Kann es sein, dass Du beim hin-und her-schieben der Elemente in Deiner Benutzersammlung ein paar Unterverzeichnisse "Import" erstellt hast? Schau doch mal bitte in einem Datei-Browser in das Verzeichnis Deiner Benutzersammlung mach, ob dort vielleicht schon solche Verschachtelungen vorhanden sind. Damit würden sich dann auch die mehrfachen Einträge erklären und QET wäre bei der Diskussion "Messie" ein wenig entlastet... 
